A comienzos del siglo XIII, cuando ya las cruzadas habían entrado en la recta de su completa derrota, los franciscanos entraron en Tierra Santa con un propósito bien difinido: obtener el acceso a los lugares santos y la facultad de ejercer en ellos el culto divino. Plan, éste, llevado a cabo gradualmente y con el apoyo de la Santa Sede que ya desde el principio reconoció oficialmente la labor de la Custodia la ayudó y la asistió; con la protección de las naciones cristianas, la colaboración material y espiritual de todos los fieles católicos del mundo y, lo que por otros aspectos era no menos importante, el reconocimiento por parte de las autoridades políticas de Palestina de la adquisición de la propriedad y el uso de los lugares santos para la Custodia de Tierra Santa.

Evidentemente los primeros puntos de mira fueron el S.Cenáculo, el Santo Sepulcro, el sitio de la Natividad del Señor, la Tumba de la Virgen, el Huerto de los Olivos (Getsemaní) etc. Pero sin ahorrar esfuerzos por la adquisición de los demás lugares santos que recuerdan el paso por éllos de Jesús.

La cima del monte Tabor formaba un montón de ruinas y piedras y el Santuario había quedado relegado al olvido. No obstante, los religiosos franciscanos, de Nazaret y de Jerusalén, aunque pocos y maltratados, se reunían - cuando las circunstancias se lo permitían - en el monte de la Transfiguración. El franciscano Nicoló de Poggibonsi (1345) escribe: "La iglesia está casi en ruinas, sin la bóveda; la fiesta se celebra el VI de agosto. Se gana la indulgencia, se expía la culpa y la pena". Seguramente la celebración estaba sujeta a los desprecios de los habitantes de Daburiyeh (mahometanos), y dependía del buen talante de los gobernadores civiles y de la posibilidad de los religiosos de contentar a estas autoridades con dádivas y regalos.

Cuando las circunstancias impedían a los religiosos ir al monte Tabor, celebraban la fiesta en el mote de los Olivos.

Fabri (1480) no pudo visitar el monte, pero "el día seis de agosto, día de la Transfiguración del Señor, nos reunimos al alba en el monte Sión, la mitad de los religiosos del monte Sión subieron con nosotros al monte Olivete, a la iglesia de la Ascensión de nuestro Señor, llevando los cálices y los paramentos sagrados, y allí cantamos solemnemente la Misa de la Transfiguración del Señor cual si hubiéramos estado presentes en el monte Tabor." En aquella ocasión Fabri pudo también notar un cierto espíritu ecuménico: "Muchos cristianos orientales estaban presentes en nuestra Misa porque veneran el día de la Transfiguración del Señor como una de sus fiestas más solemnes."

Cinco años despues de Fabri, escribió Suriano:"En aquel lugar glorioso (el Tabor) una buena mañana celebré la Misa y también un compañero [...] y me parece que hace más de trescientos años que por los católicos no fue nunca celebrado el culto en dicho lugar por ser muy peligroso a causa de la mala gente, malhechores y asesinos." Quiza fuera un tanto pesimista al hablar de tres siglos de abandono; pero demostró ser un franciscano aguerrido pues logró celebrar la Misa hasta en el monte Garizím, sin que repararan en ellos los Samaritanos.

La maldad de los indígenas nos la cuentan de otra manera tres peregrinos germanos de la segunda mitad del siglo XV, Johan Graffen zu Solms, Johan Tuchern y Arnold von Harff, quienes afirman: "Nadie vive en la cima del monte pero abajo habitan muchos "paganos" (mohametanos). Estos no consideran a nadie digno de habitar en la cima del monte que, por reverencia, lo llaman el monte de Diós y allí se obtiene el perdón de todos los pecados."

Hacia la mitad del siglo siguiente, Bonifacio de Ragusa hace notar que a veces la Transfiguración se celebra en Jerusalén en la iglesia de S.Salvador, otras en el Tabor. Este autor es el primero, según parece, que refiere que también en el Tabor "el segundo domingo de Cuaresma los católicos celebran un oficio solemne porque allí se manifestó la virtud y el poder divino de Cristo Jesús." Contemporaneamente Melchior von Seydlitz dice : hay un altar "donde los religiosos de Jerusalén celebran la Misa algunas veces durante el año y celebran sus ceremonias y el servicio divino.".