Existen dos períodos bien diferenciados: el período judeo-cristiano, relativamente corto, y luego el segundo, que dura hasta hoy y engloba la Iglesia universal.

Resulta que grupos de Judeo-cristianos, en los días que van de Pascua a Pentecostés, partiendo de las regiones transjordanas, iban en peregrinación hasta el Monte Tabor y acababan su marcha en Caná, donde celebraban el matrimonio, considerado como la unión mística entre Cristo y la Iglesia.

Debajo de la cripta de la nueva basílica fue descubierta una gruta, lugar de culto de los Judeo-cristianos y parece que hubo en el Monte también un grupo de eremitas.

Entre tanto los cristianos salidos de la gentilidad habían identificado en la cumbre del Monte Tabor el lugar de la Transfiguración y dió comienzo así a otro culto que, probablemente fue paralelo al de los judeo-cristianos y que duró hasta el siglo VI-VII cuando las comunidades Judeo-cristianas se dispersaron y finalmente desaparecieron.

Los numerosos eremitas que vivían en el monte mantenían vivo el culto aun hasta después de la conquista árabe y, en la época cruzada, las cosas mejoraron sensiblemente.

Ya desde el siglo IV, un monumento fue erigido en memoria de la Transfiguración. El Anónimo Peregrino de Plasencia (570) hace mención allí de tres basílicas en recuerdo de las tres tiendas mencionadas por S.Pedro, y Arculfo (670) nota la presencia allí también de un gran número de monjes, al tiempo que un documento del siglo IX habla del Obispado del Tabor con 18 monjes al servicio de cuatro iglesias.

La oficiatura de este santuario fue confiada, durante el dominio latino, a una comunidad de monjes de S.Benito, comunidad que Tancredo, príncipe de Galilea, dotó de copiosas rentas. La iglesia fue entonces engrandecida y embellecida y, junto con la abadía, rodeada de un muro fortificado que, sin embargo, parece que no fue suficiente para hacerla inmune a las incursiones de los sarracenos.

En el 1187, después de la desafortunada batalla de Hatin, el santuario del monte Tabor fue puesto a dura prueba por parte de los vencedores y, poco más tarde, en el 1211-1212, el Sultán Malek al-Adel, queriendo fortificar el monte, hizo desaparecer la iglesia benedictina debajo de un bastión de defensa contra el que, en el 1218, se hicieron añicos los esfuerzos de los guerreros cruzados.

Destruídas que fueron luego las fortificaciones sarracenas por orden del citado Sultán, los cristianos, durante la tregua concluída por Federico II (1229-1239) pudieron volver a tomar posesión del Tabor; pero, en la imposibilidad de desenterrar el antiguo santuario sepultado debajo de un inmenso montón de basuras, hubieron de contentarse con construir un nuevo oratorio al oeste de la primitiva iglesia.

En el 1263 el Sultán Bivars, el mismo que se había ensañado contra la basílica de la Anunciación de Nazaret, ordenó también la destrucción del santuario del Tabor.

El geógrafo árabe Yakut (1225) nos dice que, cada año, una inmensa turba de peregrinos se reunía en el Tabor, probablemente con ocasión de la fiesta. Sabemos asimismo que, luego, los peregrinos que podían subir al monte Santo "con mucha dificultad" rezaban cuándo y cómo podían.