En la capilla inferior, también llamada Galilea, se recordaba el Lavatorio de los pies y la Aparición de Cristo Resucitado a los Apóstoles. La Basílica estaba regida por los Canónigos Regulares de san Agustín.

Es interesante notar que durante el período cruzado ningún peregrino recuerda la tumba de David. Solamente en el 1167 Rabbi Abraham de Jerusalén contó a Benjamín de Tudela que 16 años antes, después de caerse un muro, se descubrieron ricas tumbas que podían ser de David y Salomón. El Patriarca Latino hubo de llamar a Rabbi Abranham de Constantinopla para que examinase a los dos testigos que habían descubierto las tumbas. Pero estos habiendo huido del lugar, se negaron a retornar y el Patriarca decidió reconstruir de nuevo el muro que había caído. Esta historia pone sus raíces en la leyenda contada por Flavio Josefo a propósito del Rey Herodes: “Todavía deseaba hacer una investigación más profunda y llegar al fondo del asunto, hasta encontrar los mismos cuerpos de David y de Salomón, cuando dos de sus soldados murieron por un fuego que quemó a los que iban a entrar, según aquello que ha sido contado” (Antigu. XVI 7,1).


De esto se deduce que la población local continuó a transmitir la leyenda relativa a la Tumba de David. Cuando Saladino tomó Jerusalén en el 1187, la basílica de Sión fue una de las pocas que no fue destruida o convertida en mezquita. Fue confiada a la cura pastoral del clero local Sirio. Durante este período los peregrinos occidentales podían visitar el Cenáculo y celebrar la santa Misa. En el 1192 la basílica y el monasterio aparecen rodeados por un muro, pero en el 1219 por orden de Melk el-Muazzen el edificio fue parcialmente demolido y a continuación destruido por Kwarismiani 1244. El peregrino griego Perdicca en el 1260 recuerda la Tumba de David en la parte baja. En el 1294 el dominico Ricoldo de Monte Croce describe el edificio en ruinas y transformado parcialmente en mezquita.

Para entender lo que dicen los peregrinos a partir de este momento en adelante es necesario recordar que el nombre de Cenáculo estaba reservado a la parte oeste de la capilla restante, en la que se recordaba la institución de la Eucaristía. Parece que mientras todo el resto de la basílica de Sión estaba en ruinas, sólo esta parte permanecía en pie y así es mencionada por los peregrinos. Muchos peregrinos en el primer cuarto del siglo XIV describen el Santuario y todos se refieren al mismo lugar.