En el 1951 el arqueólogo israelí J. Pinkerfeld pudo llevar a cabo las excavaciones en el área de la Tumba de David. Sobre la base de estas excavaciones parece que el edificio fue una antigua sinagoga. La hipótesis del p. Bagatti es que se trataría más bien de una “iglesia-sinagoga” que se fundó en las antiguas memorias cristianas relativas a la “Iglesia de los Apóstoles” (ya se habló más arriba).

Por otra parte se sabe que a los judíos, después de las dos revoluciones contra los romanos (66-70 y 132-135 dC), se les prohibió el acceso a la ciudad de Jerusalén. Lo contrario sucedía con los cristianos que estaban en la ciudad que tenían en el Sión su centro litúrgico principal. Los grafitos hallados en la excavación de Pinkerfeld confirman esta presencia cristiana.

Más limitados fueron los sondeos llevados a cabo por los padres Bagatti y E. Alliata en el área del Convento franciscano (1981) y por el p. B. Pixner en el área del monasterio benedictino de la Dorminición (1986). Recientes restauraciones en el Cenáculo, y más aún en la Sala del Espíritu Santo, han puesto a la luz numerosas señales relativas a la presencia cristiana y al culto allí practicado desde la época bizantina.