El Santo Sepulcro durante los años 1009 al 1099

En el 1009 el Fatimita Califa de Egipto al-Hakim explícitamente ordenó la destrucción de la Iglesia del Santo Sepulcro. El historiador árabe Yahia ibn Said describe así los acontecimientos: "el hecho santo comenzó un martes, el quinto día antes del fin del mes de Safar del año 400 de la Egira (1009 de nuestro calendario). Solamente las partes de difícil acceso no fueron dañadas". Empezaron por demoler la tumba misma, la cúpula y las partes altas del edificio hasta que los restos que se juntaron a sus pies bloquearon su destrucción.

Durante once años se les prohibió a los cristianos visitar los destrozos en este lugar, tampoco se les permitió rezar en las ruinas. Solamente años más tarde los cristianos pudieron reconstruir su santuario en ese mismo sitio. Esto fue posible gracias a un tratado de paz entre el emperador Bizantino Argirópulos y el sucesor de al-Hakim en el que la reconstrucción del Santo Sepulcro estuvo estipulada. Los trabajos comenzaron bajo el emperador Constantino Monomaco.

Cuando los arquitectos imperiales estudiaron situación del Santo Sepulcro en Jerusalén llegaron a la conclusión de que era imposible restaurar la totalidad de la estructura Constantiniana. Así que optaron por conservar solamente la Anástasis con un ancho ábside hacia el este y varias pequeñas capillas en el área del jardín, del claustro y el Martyrium. Estos trabajos se hicieron ente el 1042 y 1048. En esta reconstrucción el atrio Este, el Martyrium, el jardín y el claustro se esfumaron. Con la restauración de la Anástasis y de la catedra del obispo, la belleza de la iluminación directa del sol se perdió para siempre.

A pesar de los cambios el nuevo sistema hizo también algunas obras espléndidas. Las paredes y la cúpula se cubrieron de mosaicos. El abad ruso Daniel visitó Jerusalén en el 1106-1107 y dejó esta descripción: "La Iglesia de la Resurrección es de forma circular y tiene doce columnas monolíticas y seis pilares. El piso está construido con hermosos bloques de mármol.

Tiene seis entradas y tribunas con 12 columnas. Vistosos mosaicos de los sagrados profetas bajo el cielo raso y sobre la tribuna. Sobre el altar hay un mosaico con la imagen de Cristo. En el altar principal se ve el mosaico de la Exaltación de Adán. La Anunciación ocupa los dos pilares al lado del altar. La cúpula de la Iglesia no está cerrada por un arco de piedra sino que está hecha por dos vigas de madera en forma de cinturón. De esta manera la Iglesia tiene una apertura arriba del todo. El Santo Sepulcro se encuentra bajo esta cúpula abierta…"

El peregrino Daniel vió mosaicos en la Capilla de la Crucifixión en el Gólgota. Visitó la capilla de la "Prisión de Cristo" la del "Encuentro de la Cruz" y la capilla dedicada a la aparición de Jesús ante su madre hacia el norte de la Anástasis.