Desde siglos forman para los cristianos, como un "santuario" a solo pocos metros del Pesebre, siempre en veneración también ellas y adaptadas piadosamente a catacumbas-cementerios. Los que vivieron en el estudio y contemplación de la "Palabra de Dios” quisieron morir allí para reposar en paz sus huesos. Hasta los paganos pusieron sus ojos allí y utilizaron el descanso de aquellos subterráneos; ¿cuánto más los discípulos de S. Jerónimo, que desde aquellas grutas "sentían los respiros del Dios-Niño"?

- Grutas, señaladas con tantos grafitos de peregrinos, ásperamente contenidas y heroicamente defendidas, testimonio vivo de una de las más afortunadas posesiones de la "Familia de David", por tanto, en condiciones de proveernos la llave de varios problemas. Habitadas desde nueve siglos antes de Cristo (2º periodo del hierro), hablan de la segunda tragedia del pueblo judío. Allí se nota, de hecho, la interrupción de los 70 años del destierro de Babilonia. Después los dueños volvieron, comenzó la vida, pero más pobre y menos alegre. Siguió la era cristiana; los Notzirim hicieron allí la base de la Iglesia de los gentiles, mientras los "Despósunoi" = Parientes del Señor sobreensalzando sus "derechos sacerdotales" tenían allí la preeminencia, y todo el ambiente de las grutas llegó a ser Lugar de culto, distinto en tres secciones: la Domus con los anexos era la iglesia, teniendo en el centro la "Gruta brillantísima". El paréntesis pagano, no resquebrajo la naturaleza y la funcionalidad del ambiente, incluso debió ser providencial para el mantenimiento de la tradición local, y así, como afirma Orígenes, también los paganos supieron donde había nacido Cristo-Salvador. Poco después de Constantino y Sta. Elena, tuvo lugar la "valorización de S. Jerónimo", que duro prácticamente toda la Edad Media, hasta la más reciente distribución. De todo esto hablan, no solo las piedras, sino también las cerámicas de cuatro grandes períodos, los restos de cristal y otros varios hallazgos (sellos, cruces, letras, huesos). En tal ambiente se desarrolló la famosa leyenda de Eva enterrada junto a la Gruta del Nacimiento, que no es caso recordar aquí.
Naturalmente, para tener completa y clara la panorámica de todo esto, hay que tener presentes los actuales repartos: griegos (lado a sur de la Basílica) y latinos (lado norte) con la bajada desde la Iglesia de Sta. Catalina.

                                                                     Claustro franciscano, por el que se accede a las grutas.

- La Columna, antes en el centro, visible pero demasiado embarazosa; actualmente a la izquierda del que baja la escalinata, dentro de la cámara en forma de cruz = sepulcro a arco-solio dedicado a los Santos Inocentes, en una cavidad del muro, gastada por el roce, de buena piedra "nari", conserva en la parte superior varios grafitos de los antiguos peregrinos. Para seguridad de juicio se llama "de Constantino", pero parece un reliquia judeo-cristiana.

- EI Pozo, (así lo llaman siempre, pero es una cisterna (aljibe) como todas las demás de la zona de la colina), es el elemento esencial que nos hace pensar en la casa, en la habitación, verdadera riqueza en un sistema de grutas. El mismo P. Bagatti escribe expresamente: "La excavación en la superficie, no se ha hecho, pero la presencia del pozo puede sugerirnos una habitación en la parte superior en un período anterior a Constantino". Impresiona esta cisterna de Belén, antigua, de unos 7 metros de profundidad, con el brocal gastado por la cuerda al tirar para sacar el habitual odre de piel de cabra cocida. Precioso elemento, no sólo para la habitación superior (Katàlyma), sino también para estas grutas inferiores, para el cercano Pesebre y sucesivamente para el aprovisionamiento del "Santuario Bautismal".

-También el recuerdo de los Santos Inocentes, aunque de tradición tardía (como documentación), pero... cómo, por qué:, y cuando nació, tiene aquí su profundo significado: quitada la pátina de la leyenda (graciosa y conmovedora) queda el recuerdo de la Belén de Herodes por lo cual su voz sale potente de aquel sepulcro recordando el llanto de Raquel que llora a sus hijos, no sólo deportados, sino degollados como corderillos (cf. Mat 2,16-18). Esta es verdaderamente la voz de mayor actualidad, que después de la del Pesebre, debiera impresionar más a los peregrinos: "la matanza de los inocentes de hoy", no disimulada y sofocada como la de Herodes, sino legalizada y protegida por los sicarios del reino uterino.

- Tenemos además e1 recuerdo de S. José, con su altar y espacio cultual en forma de "presbiterio elevado". EI primer adorador del Niño Jesús, (después de la Madre), no sólo merecía este recuerdo, sino que lo tenía ya como puesto de su descanso a cierta distancia de la Esposa. También es voz de los siglos esta, voz de aquellas piedras que ahora y desde hace mucho tiempo, hacen de pared entre esta gruta-almacén y la Gruta del Nacimiento. EI techo es verdadera y dura roca, mientras abajo, en el hueco del presbiterio reposan los restos de cuatro tumbas, excavadas en gran parte en la roca y cubiertas con arcos. Cuando la procesión diaria de los Franciscanos, custodios de Tierra Santa, hace aquí su estación, rebota el eco del drama de Nazaret y se sobresalta el corazón ante las concisas, pero potentes expresiones de S. Mateo (l,20): "José, hijo de David, no temas recibir en tu casa a María, tu esposa, pues lo concebido en Ella, es obra del Espíritu Santo". ¿Qué respondió José? Nada: hizo, tomó, llamó, sucedió para que se cumpliese... Los verbos del tremendo silencio de S. José, que en Belén casi espanta. Poco después: "Levántate, - toma-huye-estate allí; y José tomó–huyó, permaneciendo para que se cumpliese.. EI corazón quisiera una respuesta; pero José, el hombre de los sueños, esta todavía absorto, ensimismado en el silencio de aquella Gruta.

- E1 Vestíbulo (pasaje de las grutas precedentes a la del Nacimiento), de aspecto ferroso con la roca desnuda, con muchos "signos" cultuales también que atestiguan la veneración por estar tan cerca del Pesebre. A veces, en los tiempos difíciles, desempeñó una función "supletiva", y hasta defensiva. Aún cuando el pasaje esta normalmente impedido, fuera del tiempo de la procesión, los peregrinos quieren ver, tocar, besar y... meditar. Aquellas rocas y aquellas piedras tienen una voz dramática.

- Hablan también las piedras del Bautisterio judeo-cristiano, correspondientes a la Gruta y Pileta del famoso Lavacrum Christi. Este ambiente bautismal, auténtico y típico pequeño Santuario de los Nazaretanos, puede decirse primitivo sobre lo primitivo. Primitivo lugar de culto (respetado por los arquitectos de Sta. Elena y hasta por los más radicales de Justiniano), hacia oriente de la "Santa Gruta de los Misterios". Aquí esta verdaderamente el mudo lenguaje de las piedras y del tiempo, con el respiro del eterno injerto a la Vida Nueva en los "renacidos" en Cristo.